沼氣池在運行中,應視不同的原料(人畜禽糞便、秸稈)定期、不定期的進行混合攪拌──理論上稱做持續動態發酵。經常攪拌沼氣池的發酵原料,能使原料與沼氣細菌充分接觸,促進沼氣細菌的新陳代謝。使其迅速生成繁殖,提高產氣效率;可以打破池內上層結殼,使中下層所產生的附著在發酵原料上的沼氣,由小氣泡累積成大氣泡,并上升到氣箱內;可以減少發酵死角,使養料分布均勻促進沼氣細菌生活環境不斷更新,有利于它們獲得新的養料。
實踐證明:適當的攪拌方法和強度,增強微生物與原料的接觸,使之獲得營養物質機會增加,活性增強。生產繁殖旺盛,從而提高產氣量。經常攪拌后,可使產氣量提高35%以上。如不經常攪拌發酵原料,還會在沼氣池底部逐步形成結塊固化結層,縮小沼池容積并造成抽吸出料的困難。